История Анапы началась еще в античные времена, а точнее в 5 веке до н.э. В те далекие дни здесь располагался Синдик – столица народа синдов. Позднее на этом месте возник крупнейший порт Боспорского царства Горгиппия, остатки которого сохранились до наших дней. Их можно увидеть в музее «Горгиппия», который расположен в центре курорта.

В 3 веке город был уничтожен нашествием варваров. После тут обосновались местные народности натухаевцы, предки современных адыгов.

В 8 веке на месте современной Анапы купцы построили торговую факторию и назвали ее Мапа.

В 1475 году черноморское побережье, в том числе и Мапу, захватили турки. На ее месте возвели крепость, которую в свою очередь назвали Анапой. Крепость имела столь выгодное положение, что во времена русско-турецкой войны ее завоевание давало существенный перевес сил на черноморском побережье.

С 1787 по 1791 год русскими войсками было предпринято три попытки взять крепость. Удалось это командиру Гудовичу. После двухнедельной осады крепость пала и перешла в руки русским. Однако по Ясскому мирному договору Анапу вновь отдали туркам. Анапа окончательно стала русской только в 1828 году после полуторамесячной осады. Адрианопольский мирный договор навсегда закрепил Анапу за Россией. Все укрепления были сожжены, однако в честь память погибших были оставлены одни из ворот крепости, которые сохранились по сей день. Они носят название «Русских» или «Турецких» ворот и расположены в центре города.

В 1829 году в Анапу организуют военный госпиталь, где лечат солдат от малярии, страшного заболевания, распространенного на побережье Черного моря и долине реки Кубань.

В 1846 году Анапа получает статус города. Но на город она похожа мало – низкие домики-мазанки с камышовыми крышами хаотично расположенных без каких-либо улиц.

Во время Крымской войны 25 мая 1855 года войска под командованием адмирала Серебрякова ушли из Анапы и город захватил турок Сефер-бей. Город стал турецким военным центром.

10 июля 1856 года русские вернулись в город.

31 марта 1860 года по приказу императора Александра II города Анапа и Новороссийск были упразднены в пользу нового порта Темрюк. Но выгодное положение Анапы вновь сыграло ей на руку и город окончательно не был оставлен.

В 1866 году Анапа вновь получила статус города. С этого времени начинается современная история Анапы.

В 70-х годах в Анапе под началом генерала-лейтенанта Д.В. Пиленко развивается виноградарство.

На рубеже 19 и 20 веков город представляет собой дачную местность. Летом сюда съезжается множество семей на купания и отдых.

15 июля 1900 года врач Владимир Адольфович Будзинский открывает первый санаторий «Береговая». С этой поры начинается история Анапы как здравницы и курорта. В 1909 году открывается второй санаторий, в 1913 – третий.

В 1921 году по распоряжению В.И. Ленина на побережье отправляют около 55 тысяч детей.

В 1929 году комиссия Наркомздрава РСФСР принимает решение о развитии региона как детской здравницы. Начинается активное возведение санаториев. В годы перед войной в городе работает 22 детских оздоровительных объекта.

Во время ВОВ Анапа полностью разрушается. Немцы минируют даже пляжи, опасаясь высадки десанта. Восстановление города начинается с 1947 года. Однако нормальное водоснабжение по-прежнему не налажено. Город получает свежий глоток воздуха в 1968 году, когда на курорт протянули водопровод от реки Кубань.

К 1987 году на курорте уже 153 оздоровительных учреждения.

В 1994 году Анапа получает статус Федерального курорта и теперь именуется как город-курорт.

В 2006 и 2007 году на ассамблее Всемирной федерации климато- и бальнеолечения город завоевывает звание «Лучшего курортного региона».

В 2008 году городу достается премия Торгово-промышленной палаты России за благоприятные условия для бизнеса.

В 2007, 2008, 2009 Анапе отходят награды «Курортный Олимп».

В 2011 году по указу Президента РФ Д. А. Медведева Анапе присуждается звание Города Воинской Славы.