Старейший православный храм Анапы. Был построен в 1837 году по указу Николая I. Храм получает имя Онуфрия Великого и Петра Афонского. Именно в день этих святых (12 июня) Анапа была занята русскими войсками. 23 сентября 1837 года во время своего визита в Анапу Николай I посещает молебен в нововозведенном храме.
Однако простоять ему долго было не суждено. Уже в 1855 году здание было полностью разрушено, а город захвачен турками. В 1856 Анапа вновь отвоевана русскими. Начинается строительство нового храма, который освящается также 12 июня, но уже 1874 года.
После революции имущество церкви было разворовано. В 30-е годы в ней устроили краеведческий музей. В 60-е — Дом пионеров.
Возродился храм в 1991 году на средства прихожан. С 1996 года священником церкви является протоиерей Геннадий Ключников.